野々宮神社は元和元年(1615年)8月3日島立三之宮沙田神社(いさごだじんじゃ)の神主藤原貞光により、祭神沙土煮尊を西笹之久保に迎えて、野々宮大明神の鎮守の神として祀った。これより笹新田と云うようになった。
その後、奈良井川の度重なる氾濫により、享保9年(1724年)現在地に神殿を移し、遷宮の際に倭姫命を祭神として合祀した。
明治に入り数回の修改築が行われ、現在の本殿は明治11年に改築され、拝殿と社務所は昭和61年に改築された。
平成7年には狛犬、由来案内板、篝火等が奉納され、平成10年には手水舎が建てられた。